咸菜疙瘩中含有亞硝酸鹽，這也是咸菜使得許多人望而卻步的原因。

其實，咸菜疙瘩在開始腌制的2天內亞硝酸鹽的含量并不高，只是在第3—8天亞硝酸鹽的含量達到最高峰，第9天以后開始下降，20天后基本消失。所以腌制咸菜疙瘩一般時間短的在2天之內，長的應在腌制一個月以后才可以食用。

在食用改菜的時候，有必要進行一下人工除毒。在其腌制成咸菜疙瘩后，在吃前可用水煮2分鐘或日照30分鐘，或用熱水清洗的方法處理，可在一定程度上去除咸菜中殘存的亞硝酸鹽。