大家都知道，新生的寶寶是很脆弱的，新生兒免疫功能差尤其是腸道的免疫能力就更低，當腸道感染時，沒有能力去減弱和中和細菌的毒力。另外，胎兒在子宮內在無細菌的溫室環境中生長，生后立即在眾多的細菌，病毒污染環境中生長，抵抗力太弱了，消化功能和各系統功能的調節機能也比較差，因此，新生兒易患消化功能紊亂，同時也易患感染性腹瀉。

剛出生的寶寶腹瀉的原因，不外乎兩大類，一類是非感染性，一類是感染性。

1、非感染性的因素有喂養方法不當、添加輔助食品的質和量不適宜、嬰兒對牛奶或其他食物過敏，饑餓也會使嬰兒腹瀉。另外，氣候變化使嬰兒過熱或受驚、劇烈哭鬧、情緒緊張等均可引起嬰兒腹瀉。

2、感染因素有各種疾病，如上呼吸道感染、中耳炎、肺炎、腦膜炎、敗血癥等，都可能首先見到的是腹瀉癥狀。腸道內的細菌、病毒及霉菌、寄生蟲感染等也均可引起嬰兒腹瀉。