消毒柜溫控器能控制消毒柜內部溫度，控制方法一般分為兩種，一種是由被冷卻對象的溫度變化來進行控制，多采用蒸氣壓力式溫度控制器，另一種由被冷卻對象的溫差變化來進行控制，多采用電子式溫度控制器。此外，溫控器還可按以下方法進行分類：

機械式分為：蒸氣壓力式溫控器、液體膨脹式溫控器、氣體吸附式溫控器、金屬膨脹式溫控器。

其中蒸氣壓力式溫控器又分為：充氣型、液氣混合型和充液型。家用消毒柜并非以這類溫控器為主。

電子式分為：電阻式溫控器和熱電偶式溫控器。家用消毒柜主要以這類溫控器為主。