大三陽主要治療目的就是促使HBeAg（乙型肝炎E抗原）轉陰，并產生e抗體，使體內的病毒停止復制。雖然目前還沒有能夠徹底消滅乙肝大三陽病毒的特效藥物，但抗病毒的藥物還是很多的，如干擾素、無環鳥苷、拉米夫定等可以試用，同時積極關注最新技術方法，及時治療。

當然，最重要的是要提高個人的免疫功能和抗病毒能力，一方面使自身有能力消除乙肝病毒，另一方面保持目前乙肝病毒的攜帶狀態不再發病。