巨細胞病毒的危害性是非常大的，孕婦若感染了更會危害到胎兒，嚴重的還會導致新生兒死亡。所以當檢測到巨細胞病毒必須作出積極治療。

1、可應用各種抗病毒制劑如GCV、抗巨細胞病毒的免疫球蛋白制劑、干擾素及轉移因子等。但這些藥物并不能解決根本問題，往往停藥后病毒又潛伏地回升。

2、丙氧鳥苷有防止巨細胞病毒擴散作用。如與高滴度抗巨細胞病毒免疫球蛋白合用，可降低骨髓移植的巨細胞病毒肺炎并發癥死亡率。

3、要注意做好對癥治療和護理工作，隔離病兒，對其排泄物要進行消毒。