嬰兒巨細胞病毒感染其主要傳染源都是來自媽媽的，母親原發感染后，后代感染的概率為40%（24%～75%）。其中，10%～12%患兒出生時有癥狀，表現為巨細胞病毒，具體癥狀包括：高膽紅素血癥、肝炎、肝脾腫大、出血點、腦畸形（常見的是腦室周圍鈣化）、脈絡膜視網膜炎。

有癥狀的患兒當中，40%～58%有遠期后遺癥，最常見的感音神經性耳聾，占10%～15%。出生時沒有癥狀的嬰兒當中，約13.5%有后遺癥，主要是感音神經性耳聾以及認知和神經損害癥狀。

母親復發感染后，后代感染的概率為1%，多數受感染患兒沒有癥狀，有不到10%的患兒有遠期后遺癥，主要是耳聾和小頭畸形。

確診嬰兒患巨細胞病毒使用抗病毒藥物治療可能會減少嬰兒的損害，但同時出會存在一些副作用可能會引起白細胞計數減少，血小板減少、肝功能異常、脈絡膜視網膜炎、細菌感染等。