氏肺囊蟲肺炎要配以藥物和隔離治療，但也很有可能會出現不少的后遺癥和不良反應。

A.治療做病原治療。首選藥物為甲氧芐啶加磺胺甲噁唑，連服2周，但不良副作用遠較少見，表現為皮膚過敏與胃腸道反應。支持療法包括應用人血丙種球蛋白，可以增強免疫力；

B.必要時吸氧。如在應用腎上腺皮質激素過程中發生此病，則需減量或停藥。為預防此病在高危患兒中交叉感染，最近主張進行呼吸道隔離，直至治療結束；

C.對癥治療，臥床休息，多飲水及少量多次進軟質飲食，補充足量的維生素及蛋白質，酌情靜脈輸液等。目前已經證實較有效的病毒抑制藥物如利巴韋林（病毒唑）、阿昔洛韋、阿糖腺苷、金剛烷胺、干擾素等，可酌情應用；

D.卡氏肺囊蟲肺炎治療方法可能會有不良反應。本病經單獨支持療法(如吸氧、抗生素、輸血、良好的護理等)。治療后病灶多在短期內消失，不留痕跡，但亦有個別患者遺留肺纖維化。