隱球菌通常經呼吸道進入人體。肺是感染的首發部位。正常人吸入隱球菌后，引起肺內感染，病變多僅局限于肺部，很少出現癥狀，常有自愈傾向。若因過度勞累或有免疫缺損的慢性病患者(如晚期惡性腫瘤、白血病、長期接受大劑量激素、廣譜抗生素及抗癌藥等治療)，吸入真菌后在肺內形成病灶，可經血行播散至全身，且多侵入中樞神經系統。其癥狀多為：

1、肺部隱球菌感染的初期，多數病人可無癥狀；

2、少數病人出現低熱、輕咳，咳黏液痰，偶有胸膜炎癥狀；

3、雙肺下部紋理增加或孤立的結節狀陰影，偶有空洞形成。