一般來說有以下幾種原因會引起骨堿性磷酸酶偏低：病毒性感染時其活性在正常范圍或略低、重癥慢性腎炎、甲狀腺功能不全者。遺傳性低磷酸酶血癥也會引起骨堿性磷酸酶偏低。

由于引起骨堿性磷酸酶偏低的原因很多，當出現骨堿性磷酸酶偏低時，應首先檢查出骨堿性磷酸酶偏低的原因，一般是由貧血、慢性腎炎引起的。若是因貧血引起的則可以通過飲食進行調整，但是如果是其他疾病引發的骨堿性磷酸酶低，一定要及時到專業的醫院進行詳細檢查，明確病因對癥施藥。