發熱驚厥的原因大致可以分成兩類：按病變部位分為顱內驚厥和顱外驚厥兩類。

1、顱內疾病：病毒感染（例如病毒性腦炎和乙型腦炎）、細菌感染（例如化膿性腦膜炎和結核性腦膜炎）、腦膿腫和靜脈竇血栓形成、霉菌感染（如新型隱球菌腦膜炎）等等。寄生蟲感染如腦囊蟲病、腦型瘧疾、腦型血吸蟲病、腦型肺吸蟲病、弓形蟲病。

2、顱外疾病：高熱驚厥、中毒性腦病（重癥肺炎、百日咳、中毒性痢疾、敗血癥為原發病），破傷風等。