羊水穿刺過程不需要麻醉，因為注射麻醉藥的疼痛可能會比羊水穿刺本身還要強烈。 多數人在剛剛刺入時只會感覺輕微疼痛，類似于刺手指取血的痛感，是可以承受的痛感。不過不必擔心會對胎兒造成傷害，在這個過程中，醫生會在B超監控下小心避開胎兒。

由于不使用麻藥，有些孕婦在羊水穿刺時可能會感覺到腹部有點兒緊，或是有刺痛或壓迫感，有些孕婦可能會感覺不到任何不適。是否感覺到疼痛需視乎個人情況而定。