孕酮低的原因有很多，內分泌功能紊亂是最常見的原因之一。另外一種常見的原因就是黃體的內分泌出現異常，還有卵泡發育障礙也會出現孕酮低的情況。

一些疾病也有可能造成孕酮低，患有糖尿病的孕婦容易孕酮低，另外患有原發性高血壓、卵巢顆粒層膜細胞瘤、先天性腎上腺增生、先天性17a-羥化酶缺乏癥等疾病的女性也容易孕酮低。

另外，壓力過大、飲食不平衡、缺乏鍛煉等都可能會導致黃體酮分泌不足。