堅硬的芡實殼不能食用，所以在煮芡實前我們必須把殼去掉。一般家庭日常食用時，如果買到的新鮮芡實較為嫩，可以直接用手指剝殼，不過為了避免手指收到傷害，最好還是買一個專門用于剝殼的小指套。現在市面上有專門剝芡實殼的小指套，費用低又方便實用，戴在手指上，用尖的一頭在殼上輕劃一下，殼剝開了，芡實就自然的掉落下來。

如果是農場大量種植時，芡實去殼的方式分為手工去殼和機器去殼兩種。

傳統的方法是是將果實攤于打谷場上，先用木杵連續敲打，使果殼出現裂痕并破碎，然后再裝入筐簍內用腳踩，讓種子外部的薄膜自然脫落，裂出種子，用水淘凈后曬干即是可食用的芡實。

或者把采收的果實堆成大堆，用草覆蓋10天左右，果殼和種皮會因為悶熱而漚爛，這時候扒開大堆，把種子洗干凈曬干。曬干后先放在火上翻炒一遍再用碾子或石磨磨去種皮硬殼。磨時要注意將磨心墊高，避免將種仁也磨碎。磨后用扇車或簸箕除去殼皮及雜質，或倒入水中，撈掉浮上來的外殼，再將種仁撈起曬干，得到的就是芡實。

隨著工業時代的來臨，傳統額手工去殼方式被人們拋棄，方便的機器去殼受到了芡實種植戶的青睞。芡實剝殼機一般采用旋轉式剝殼方法，既能快速使殼肉分離又不傷害到芡實肉，體積小，操作簡單，節省了大量的加工時間，適合家庭加工作業。所以，現在很多芡實種植戶加重都會備有一臺剝殼機。