作為一種營養美味的養生粥，小米南瓜粥的功效很多，最主要的一點就是對腸胃很有益處。中醫認為，南瓜性溫，味甘無毒，入脾、胃二經，能潤肺益氣，化痰排濃，驅蟲解毒，治咳止喘，療肺癰與便秘。此外，南瓜還有利尿、美容等作用。現代醫學研究則表示，南瓜中富含果膠和維生素，果膠有很好的吸附性，能粘結和消除體內細菌毒素和其他有害物質，如重金屬中的鉛、汞和放射性元素，因此使用南瓜有解毒的作用。南瓜中的果膠還能保護胃腸道粘膜，免受粗糙食品刺激，促進潰瘍面愈合，促進膽汁分泌，加強胃腸蠕動，從而幫助食物消化。總的來說，南瓜有很好的清熱解毒的功效。

小米同樣也有很好的食療功效，它不僅僅能補脾胃、補腎，還有很好的安心養神、滋陰養顏的作用。中醫認為小米能“和胃溫中”，因此小米對拉肚子、嘔吐、消化不良及糖尿者很有益處。食用能有效補中益氣的小米對脾胃寒虛、中氣不足和失眠諸病癥有治療作用。因此，小米南瓜粥還可以作為鎮靜安神的食療保健品來食用。