奶瓶消毒完成后，應將留在瓶身內的水徹底倒凈，之后倒扣瀝干，并以消毒過的奶瓶夾，將消毒過的奶瓶、奶嘴、奶瓶蓋等，放在專門的收納盒里，以利于之后取出使用。

收納盒應隨時保持干燥、清潔放在通風、干凈處放，并蓋上紗布或蓋子。此外，若于消毒24小時后仍舊沒有使用奶瓶，就需重新進行一次消毒工作，以免細菌滋生。此外，用來夾奶瓶的夾子也要定期消毒，同時不可再做其他用途。現今有許多消毒鍋都兼有烘干、直接收納的功能，相對地可節省家長的辛勞。