通常人們吃菠菜都是把洗凈的菠菜直接扔進鍋里，或者做湯吃，專家認為這樣食用不科學。專家說，在所有的食物中菠菜的草酸含量最高，而草酸容易和人體內的鈣結合成不溶性的草酸鈣。草酸鈣不但不能被人體吸收利用，而且還妨礙人體對鈣的吸收，因此食用菠菜時烹飪方法至關重要。
菠菜的烹飪方法很多，但直接炒著吃、做湯吃都是不對的。
對孕婦來說，為了預防菠菜對人體的不利因素，預防結石的形成，以及影響對鈣的吸收，在烹飪菠菜時最好用開水焯一下。經過水焯后，大部分的草酸可以釋出，此時把水倒掉，撈出菠菜，或涼拌或炒，都可以在一定程度上減少草酸的破壞作用。此外，還應該注意正在服用鈣片的人，最好少吃或不吃菠菜。菠菜含有食物纖維，能夠解毒通竅，所以有滑腸的作用，腹瀉的時候最好也不要吃。
菠菜所含的草酸對泌尿道結石患者來說也是大忌，有可能加重病情，所以如果患有泌尿系結石，最好能控制食用菠菜。
