要知道，這些差異都是微小的差異。
但盡管微小，在體外仍舊可以依據這些原理，把X精子和Y精子區分開來。
比如，動物分離精子最常用的的流式精子分離儀，就是利用無毒的熒光染料與精子DNA結合。由于X精子和Y精子的DNA含量不同，相差在5%以內，所發出的熒光量也不同。這樣，通過計算機控制，使發熒光量不同的精子帶上不同的電荷，最后，在精子通過高壓電場時，帶不同電荷的精子發生偏斜而進入不同的收集管內。X精子、Y精子就分離成功。
離心法是根據精子大小、比重不同的差別，利用含卵黃一檸檬酸鈉液的梯度離心柱將精液分為上下兩層，
試管嬰兒的性別控制 靠的是精子離心法
過濾法利用X、Y精子大小不同的特點，進行分離；
熒光色素標記法利用熒光色素標記Y精子的熒光小體，利用光電儀設備將X、Y精子分離；
電泳法利用X、Y精子所帶生物電的不同，采用電泳法對精子分離，分別收集陽極、陰極移動精子；
密度梯度離心法是以X、Y精子比重差異為前提的，以平衡沉淀為基礎，利用密度梯度進行分離；
沉降分離法是基于X精子沉降速率比Y精子微快的原理，將精液放在不同密度的梯度介質中，經過反復離心收集，最后可以收集到90%以上的X精子。
