吳剛說，在有些品種中，突變產生的顏色甚至取代了野生的顏色，成為栽培品種的主流，如原始的胡蘿卜以紫色居多，現在最常見的橙色胡蘿卜是荷蘭育種家根據荷蘭國旗顏色選育出的。因此，目前市場上在售的果蔬，其顏色跟轉基因沒有什么關系。

　　王志興解釋，棉花、辣椒、玉米、水稻等有不同顏色，是天然存在的遺傳基因差異，并非轉基因的結果。比如彩色棉花從古就有，但由于彩色棉花纖維短、強度差，過去很少種植，而現在因為不染色吸引了部分消費者，農民就開始種植了。彩色辣椒也是天然存在的，只是過去未大面積種植，普通消費者很少見到。

　　吳剛表示，以上這些瓜果蔬菜都是常規育種手段非常容易做到的，用轉基因反而是不經濟的做法。“常規育種主要通過選育獲得具有新性狀的新品種。這里面很重要的一個工作就是‘選’。自然發生的基因變異，往往也是隨機發生的。”吳剛解釋說，“無論大小、顏色，在自然界的自然突變體中，都可以找到。育種家做的工作僅僅是將這些突變體找到，并和其他好的性狀聚合到一起，成為品種。”

　　吳剛介紹，番茄、甜椒、南瓜、黃瓜在國內外都曾有轉基因研究并獲得轉基因植株，其中僅有番茄與甜椒獲得過世界范圍內商業化種植的批準。商業化種植過轉基因番茄的國家有美國（6種）、墨西哥（3種）、日本（1種）、中國（1種，“華番一號”）等。

　　吳剛解釋，早期沒有延熟番茄，轉基因的延熟番茄儲藏期長是個優勢。但隨著科技的發展，育種家們獲得了非轉基因的延熟番茄，轉基因番茄在儲藏方面的優勢不再，產量低就成為很大一個問題，又因皮厚口感差，直接被市場淘汰。

　　“自從1998年以來，全世界已經沒有新的轉基因番茄獲準商品化種植。在我國，轉基因番茄已經退出市場。”吳剛說。