采摘水芹菜注意觀察環境，以保證衛生為上。清明踏青也是一個采摘野菜的好時節，水芹菜當然也在此列。一般情況下水芹菜有兩種，一種是真正自己長在野外的貨真價實的野芹菜，另外一種是經過人工移植栽種的人工野芹菜，超市或者菜場里買到的通常是第二種。但是如果真要自己帶著工具去郊外收割，觀察野菜的生長環境很重要。

如果水芹菜生長的地方周圍有化工廠、污水處理廠之類的設施，應當考慮水芹菜可能受到水污染，含有較多重金屬離子及有毒有害成分，這樣的水芹菜盡量采，以免對健康安全造成損傷。另外，如果采的是長在安全環境的水芹菜，為衛生安全計，無論是生吃還是熟吃，都應當先焯燙一下，以去掉附著于其上的細菌、病毒、污染物質等可能對健康造成危害的成分。